В разрушенном мире, где когда-то царила жизнь, тревога находит своё отражение в Токио-3 2015 года. Пятнадцать лет назад катастрофа обрушилась на человечество, когда Второй удар навсегда изменил облик планеты. Призраки Антарктиды остались лишь в воспоминаниях, и на фоне этой пустоты зловещие Ангелы, таинственные и беспощадные создания, опускают мрак на мир. Единственная надежда на спасение — гигантские механизмы, созданные с помощью новейших биотехнологий, которые должны противостоять этому безумству.
Юный Синдзи Икари оказывается в центре этой смертоносной вихревой драмы, где он борется с внутренними демонами — ненавистью к отцу и необходимостью стать защитником человечества. Встреча с капитаном Мисато Кацураги не просто открывает перед ним путь к спасению, но и заставляет столкнуться с глубочайшими страхами. Управляя Евангелионом, он испытывает противоречия между долгом и ужасом, терзающим его душу. Эта борьба, погружённая в атмосферу постапокалипсиса, вновь и вновь ставит его перед выбором: пожертвовать собой ради светлого будущего или уступить власть своим страхам.